По мнению сотрудников Департамента природопользования, в столице существует много потенциальных мест для нагула ценных видов рыб (включая «краснокнижные» виды), обитания ценных видов моллюсков, амфибий и других гидробионтов. Однако наблюдается постепенное исчезновение и резкое уменьшение численности ряда редких, а часто и обычных видов рыб. Это связано, в первую очередь, уничтожением или частичной деградацией мест нереста и зимовки, которые достаточно четко локализованы, не занимают больших площадей и поэтому чрезвычайно уязвимы.

В современных границах города Москвы в прошлые века обитали популяции и других ценных видов рыб, таких как русский осетр, стерлядь, шип, каспийский лосось, белорыбица; а также популяции не таких знаменитых, но очень важных для водных экосистем видов, таких как налим, подуст, гольян (являвшихся индикаторами качества водной среды).

«Отсутствие, на сегодня, популяций таких видов как стерлядь, белорыбица, налим, подуст и других, связано с тем, что в границах МКАД мало мест, где эти виды сегодня могут найти себе нерестовые субстраты, однако экосистемы в целом способны обеспечить такие важнейшие жизненные этапы, как нагул, миграцию и зимовку рыб», — говорит Ахундов.

Это было доказано с помощью плавучей установки для воспроизводства рыб, которая позволила вырастить в Москве-реке форель, стерлядь, окуней, ершей и «краснокнижных» бычков-подкаменщиков. Для восстановления численности исчезающих и увеличения численности редких видов существует несколько путей: реабилитация мест нереста и зимовки, создание «Центра по воспроизводству „краснокнижных“ видов гидробионтов» непосредственно в пределах столицы для последующего зарыбления водоемов и водотоков столицы, перевозка ценных видов из других регионов для зарыбления водоемов столицы.

Плавучие платформы для воспроизводства рыб в настоящее время демонтированы, но весной возобновят свою работу. Установки представляют собой мобильные деревянные сооружения, которые можно транспортировать катерами в любую точку водоема. В 2008 году с их помощью в Москве-реке удалось вырастить стерлядь, окуней, ершей и «краснокнижных» бычков-подкаменщиков. С помощью специальных исследований были усовершенствованны процессы кормления, зимовки рыб и технологии выпуска молодых особей в открытую воду.